姚仲亭要为沙俄主子建功,带人杀了帽儿山土匪设在城中据点王老三全家,胁迫其家丁带路,带领大批沙俄士兵突袭帽儿山山寨。遭遇突袭的过江龙、冯海抵挡不过沙俄士兵的攻击,无奈之中弃寨而逃。
为了挽回败势,尤里金命令姚仲亭协助普里诺夫抓住姜达明做试验,在疫苗研究上压过伍连德,争夺防疫的主动权。姚仲亭收买日本武士,去隔离区抓捕姜达明,栽赃于日本人。
姜达明在回养病院的路上被日本武士围堵,打斗中寡不敌众。流落城中的过江龙、冯海恰逢此景,出手相助,警察赶到将日本武士被抓获。慕德惠收留了二人当警察,为国效力。
虽然采取了各种措施,死亡人数仍不断攀升,伍连德非常苦恼。调查发现,俄国教堂内有很多传染鼠疫的教民,从来没有看到他们如何处理尸体。此事引起了伍连德的警觉。
过度劳累使伍连德咳嗽起来,大家劝他检查并休息,他不以为然,仍然坚持工作。助手林家伟强行为他检查,结果,伍连德被传染上了鼠疫。
伍连德被传染鼠疫的消息传遍哈尔滨,民众对控制鼠疫的传播产生了怀疑,姚仲亭派手下人混入百姓中到防疫总站闹事,制造事端。此时,俄文报纸发布普里诺夫研制出鼠疫疫苗的消息。
日本人担心俄国人在防疫上抢控局势,派人砸毁了俄国医院的实验室。尤里金怒不可遏,派兵包围了日本领事馆。
有特殊血型能抵抗鼠疫传染的姜达明日夜照料着患病的伍连德,每天熬制保肺汤时偷偷放入自己的鲜血,希望伍连德增强免疫力,尽快康复。
姚仲亭为向尤里金献媚将丽达绑架到俄国宾馆交给普里诺夫,普里诺夫劝她离开伍连德,被丽达痛斥一番。
丽达失踪的消息让奇迹病愈的伍连德焦急万分,命令慕德惠等人尽快寻找。慕德惠带人强行闯入俄国宾馆搜查。尤里金立即让姚仲亭转移了丽达,为了报复伍连德,姚仲亭残忍地将丽达关入堆放传染鼠疫死亡尸的俄国教堂地下室。
姜达明闯入普里诺夫医院办公室,他用枪逼迫普里诺夫立即放了丽达,用自己的身体作为交换条件。普里诺夫电话告诉尤里金姜达明已经在他手中,可以放了丽达。