Nikita被Amanda诬陷为刺杀美国总统的凶手，不得不踏上亡命天涯的道路。来自新闻频道ENN的记者Dale对当晚所发生的事情产生质疑，发誓要查清真相。Nikita将Dale当作自己洗刷罪名的救命稻草，于是跨越边境重返美国，希望和Dale好好谈一次。怎料她竟一头撞进了Amanda精心设下的陷阱！Michael等人收到了警告，Michael决定立即找到Nikita，避免她落入Amanda之手。Michael等人的临时总部设在一架自由飞行的高科技飞机上（和《神盾局特工》类似），Birkhoff和Ryan都用各自的方式向Michael伸出了援手。与此同时，Alex密切监视一个人口贩卖集团，她发现「The Shop」组织与之有关。当Owen/Sam出现在现场后，情况迅速向坏的方向发展。

Nikita与Michael、Birkhoff和Ryan团聚，并且登上了他们作为临时指挥中心的飞机。

Michael拒绝与Nikita讨论他们之间的关系，但要求Nikita留在这个团队中，让他们帮助她洗清罪名。

Ryan发现Amanda在「The Shop」组织的帮助下用替身来替换一些重要人物，而Nikita发现其中一名替身就是中情局局长(Alex Carter)。

在不暴露自己的情况下，Nikita很难杀死他。

与此同时，Alex用枪逼Sam交还偷走的东西。然而当一群暴徒对两人发动袭击的时候，他们为逃命被迫共同御敌。

Amanda提供的假情报显示巴基斯坦雇佣Nikita来刺杀美国总统，美国和巴基斯坦的关系持续紧张。

Ryan对Birkhoff越来越古怪的行为产生怀疑，他向Nikita和Michael表示Amanda有可能绑架了Birkhoff并将他转变为双重间谍。

与此同时，中情局抓住了Alex，逼她说出她与Nikita的关系。