东京繁华的大街上，发生了一起持枪抢劫珠宝案。警局中央署刑事课主任浅轮直树赶到现场，见到两名嫌犯逃跑，紧跟在后奋力追赶，慌乱中撞倒一名男子，原来也是前来围捕的警员，名叫新藤亮，两人开始联手追捕嫌犯。追赶中，浅轮终于制住了第一名嫌犯并把他交给新藤亮，此时眼见第二名嫌犯就要逃远，一个带着小孩出来玩的男人巧妙地用路障绳绊倒了嫌犯，浅轮制住嫌犯，此人却神情冷漠地不接受浅轮的感激。

警视总监决定成立一个不受其它机制束缚的特别搜查组，特地请来已辞职的宗方朔太郎担任组长，而且承诺全部成员由宗方挑选。正在家里享受休假日的浅轮，接到上级电话赶到了总监办公室，得知自己要被调到这个新成立的特别组，而当宗方一转身，浅轮吃惊地发现，这个新任的组长竟然就是帮助自己抓住嫌犯的那个男人，正是宗方点名要来了自己。

特搜组的办公室准备到位，宗方让浅轮负责召集人员，浅轮有些茫然。他打电话给正在博物馆的小宫山志保，却被小宫山拒绝，又找到矢泽、青柳等原来一起共事的警员，也都被一一拒绝。正当浅轮失望之际，矢泽终于改变了主意，并且答应帮他一起慢慢说服其它人。

当前仅有浅轮和矢泽两名成员的特搜组接到出警电话，打电话的是另外一名过去的同事村濑，三个重聚在案发现场。初步勘查死者名叫野村美穗，是一名考古研究人员，她死在了考古发掘坑内，身旁发现装有毒药的瓶子，而且只有她一个人走过的脚印，一切看起来好象是自杀。但浅轮却机智地发现，周围并没有服用毒药后挣扎的痕迹。

死者的尸体解剖结果显示系服毒死亡，对这个案子感兴趣的小宫山正好来到解剖室，想起自己曾经见过死者，她要求法医调查死者的以往病例。初步的案情分析在特搜组进行，此时法医的调查结果表明死者已经怀孕，而且生前患有骨关节炎，她走路的姿势与正常人不同，因此死者在死亡前留下的脚印不可能是正常的。案件疑点很明显，浅轮驳回了上峰定为自杀的推断，决定深入调查。

调查中众警员听说死者美穗十分崇拜知名的考古学家井出教授，而且她曾经捏造过绳文时代的考古成果，美穗后来递交了辞职申请，井出教授却不同意。浅轮在美穗家中比对照片时，发现架子上心型的绳文时代陶俑复制品不见了。村濑在听人说有可能掉在地下摔碎时，忽然想起曾经接手井出教授办公室绳文复制品大批摔碎的那件案子，他赶紧截回了那些原本要处理掉的碎片。

碎片整合，心形陶俑果然出现了，这说明井出教授办公室的陶俑是死者美穗家里那一件，与此同时，美穗肚子里的胎儿DNA检验结果也证明了是井出的，浅轮将井出带到了警局。案情告白于天下：已婚的井出与美穗有感情纠葛，两人在争执中美穗晕倒，井出为了掩盖碎掉的心形陶俑遂打碎现场其它陶俑混在一起，让学生毒死美穗伪造自杀现场。

井出用法务大臣的关系威胁浅轮，但浅轮坚持将他逮捕。特搜组首战告捷，此时浅轮原来的同事也一一回归，大家重聚一起，决心让法律的阳光照进黑暗。

一位身着嫁衣盛装的新娘死在河边。已经升任特搜组主任的浅轮赶到现场，遇到之前一同抓捕嫌犯的新藤亮，得知他也加入了特搜组。初步调查中发现了死者身旁的安眠药，新藤亮分析认为这是自杀，浅轮打断新藤，提出一切等待死因和死者身份查证再说。

死者的未婚夫前来认尸，众人得知死者名叫齐藤真希，是一家酒店的接待，她的未婚夫武村茂是这家酒店的前台。齐藤死于婚礼前的头一天晚上，她没有参加当天的婚前派对，而是提前在房间里休息。武村说他半夜好象看到了齐藤，但酒店监控里没有查到齐藤离开过房间。众警员反复查看监控，新藤亮发现监控在半夜会有五秒的换档期，分析齐藤很可能利用五秒钟的空白时间离开房间。但是齐藤看上去没有什么自杀的动机。

初步尸检结果显示齐藤是在河边冻死的，胃里有安眠药的成份，符合自杀的特征，但是法医同时发现她肩上的尸斑很可疑。在浅轮一行人打算离开酒店时，一个女人声称武村对齐藤的死负有责任，浅轮详细询问下，女人说武村和别的女人有不正当关系，齐藤自杀的动机很可能因为这个，武村当场否认。

特搜组在案情分析中，新藤亮认为是男方感情出轨之类的自杀，但与此同时，法医经鉴定尸斑发现，尸斑的形成是因为齐藤在死前有超低温的冻伤，也就是说，她不可能是在河边自然冻死的，案情有了他杀的转机。

特搜组的深入调查从参加齐藤婚礼的宾客名单开始，他们发现了诸多利益交换，比如酒店社长与歌星向笠博子的暧昧，社长为了挽回酒店的成绩与岛泽局长打得火热，而笠博子的新歌好象是献给岛泽局长的。这些乱象背后的另外一面，大家推断齐藤可能冻死在酒店的冷库内，再被移尸河边现场，监控就出现了重大疑点。

特搜组在组长宗方的带领下，以内部调查的名义进入酒店冷库搜查，发现了疑似齐藤身上的婚纱，与此同时，浅轮等人在酒店门口分别堵住了正要仓皇逃跑的武村和酒店社长。武村交待，他每个月都去贿赂岛泽局长，被齐藤发现，齐藤自己偷偷调查发现了罪恶的交易并要去告发，在社长和向笠博子的怂恿下，武村决定杀掉他的未婚妻齐藤。他先是哄骗齐藤结婚以后一起举报，然后让齐藤吃下镇静药物，利用监控回放的空隙，进到房间将齐藤搬到冷库冻死，后续伪造了河边的自杀现场。

岛泽局长和向笠博子也已被捕归案。破了案的特搜组沉浸在一片欢乐中，浅轮发现宗方组长闷声不响的离开，追问他曾经辞职的原因，宗方只说他会知道的，然后留给浅轮一个背影。

特搜组赶到一起凶杀案现场。死者是42岁的女建筑设计师森田亚纪子，凶器在现场没有发现，经外围勘察发现26公分的脚印，显示凶犯系从空调外机爬上二楼入窗杀人，现场还发现一个做好的幼儿园设计模型已经被捣毁，经询问得知亚纪子有一个设计竞争对手叫大屋。特搜组去大屋家调查，大屋表示反感，青柳在玄关意外发现一双26公分的旅游鞋。

法医完成尸体解剖，加上案发前一晚的死者行踪，推断死亡时间在晚8点至10点期间，凶器很可能是原来办公室的一把裁纸刀。新藤亮查证发现森田很早以前是大屋的助手，而青柳在大屋家发现的旅游鞋与案发现场的脚印经鉴定完全一致。

大屋涉嫌被捕，在他家中的搜索一无所获，大屋在提审中说明脚印是他去拜会森田时，四处找不到人才留下的。经过调查需求设计的部门，他们说其实这不是比赛竞争，其实早已内定了森田的作品。这样一来，大屋的嫌疑就更大了。

新藤亮偷偷跟踪大屋的妻子千鹤，发现她将凶器藏在银行外保险箱，提审中千鹤却推脱自己有失忆症，什么都记不得。特搜组认为很可能是千鹤在包庇大屋，经过复杂的背景调查，找到大屋的儿子太门，也就是使用部门的组员详谈了一切，但仍然没有明显的证据。

浅轮得到组长宗方的提醒，重新前往大屋家搜查；森田生前的模型被恢复好，除了大屋以外，还发现了另一个人的指纹；还有一些另外的证据也指向了其它方向。

在一系列证据面前，案情渐渐清晰，首先千鹤承认，其实她很爱自己的继子太门，即使后来他误会自己也没有改变这种痛爱。大屋案发当晚偷进入森田家里，出于嫉妒毁掉了森田的设计模型，千鹤发现了这一幕，想等待森田回来说服她把这次设计竞争让给丈夫大屋，但此时她看到了太门。太门改动土壤调查的秘密被森田发现，太门情急之下杀了森田，逃出森田家。

千鹤目睹了这一切，看到遗留的刀，为了包庇太门将凶器拿走。后来故意吸引新藤亮的注意主动去取凶器，想自认凶手解脱太门。真凶太门被捕归案，本案终结，太门在警局内再次见到千鹤，两人相拥而泣。特搜组众人也被真情触动，感慨万千。