鹿计是一名公务员的年轻男子，却被调到一个特殊的处所，特民处的分处担任文书专员，在分处裡，鹿计发现这世界上除了人类以外，还有另一种有智慧能够思考的生命──妖怪，他虽然是学习生态相关的科系，却没想到接下来要处理人类与妖怪的纷争，面对拥有强大异能的人形妖怪：文龟大人，鹿计在一场与文龟的打斗中，差点把自己的命都搞丢了。

鹿计在生命危险中，发现自己竟然拥有了与妖怪相同的异能，他开始怀疑，自己来到特民处的原因，似乎不若表面单纯，鹿计开始追寻在自己生命中缺席的那个人的下落，也就是他的父亲。但特民处的又接到危险任务，在草漯沙漠出现狂风，而当地听说有两隻妖怪，名為碧龙与赤虯，鹿计与同事林谐平前往调查，却发现狂风的源头，是因為碧龙与当地的人类女子相恋……

鹿计看著自己唯一拥有的父亲照片，联想到自己顶头上司特民处处长，毛杏严。他找上毛杏严，却得不到答案，而此时特民处又接获通报，有人看见幻象，认為自己死去多年的妻子死而復生，而根据特民处的纪录，这是一种名為墓坑鸟的妖怪所為，但这隻妖怪是鹿计同事秦嘉薇的好友，特民处内对於墓坑鸟的处置產生了分歧。