火村着手调查学生朱美周围发生的三起案件——朱美叔父阳平被杀案、两年前朱美敬慕的钢琴老师夕雨子被杀案、六年前朱美遇到的深夜纵火案。他与有栖一起前往黄昏岬，协助锅岛等警察调查黄昏岬杀人案。夕雨子是被人在崖下杀害后，有人又从悬崖上用石头砸她，行凶手法既残忍又令人不可思议。火村等人找到夕雨子被杀时在现场附近的吉本谈话。这个吉本过去也是京都府的警察。火村为朱美做心理咨询，打算解开自六年前纵火案以来一直困扰她的恶梦深层次心理原因。在朱美梦里，阳平往在火灾中身亡的庄太郎身上浇汽油。她坦白自己憎恨已经去世的庄太郎。火村认为，她所梦到的情景并非虚幻，可能就是她曾看到过的事。火村把朱美、朱美的堂兄正明、正明的母亲真知、正明的后辈六人部等案件相关人士全叫到黄昏岬。火村宣称，犯人就在这些人当中，他要向目前还没露出真面目的犯人发出挑战。火村梳理调查到的情况，反复思索三个案件纠结在一起的谜团，渐渐地朱美的嫌疑越来越大。最后，他得出了一个连他自己也感到困惑的结论。

在东京，过激派组织香格里拉十字军的两个年轻成员被杀，关于案件的流言在社交网络上广为传播。这个流言说犯人可能是个高中生。被认为是犯人的少年的相片在被人在网上到处传播，更有好事者将其视为英雄，呼之为“阿波罗”“开膛王子”。火村忆起以前香格里拉十字军的领袖诸星曾说过，某案件的犯人是未成年人。有栖在网上找到了被称为“阿波罗”的少年坂亦清音的照片。火村的房东时绘一看到照片就说曾在京都见过坂亦。这时，发生了高中生连续被刺的恶性案件。被害者尾木紫苑和座间剑介是同一间学校的学生。剑介死前曾给紫苑发过短信，而那时她已经死了。根据这个情况，有栖推断这是正在交往的恋人不幸遭同一个拦路杀人狂杀害。而此时，有关阿波罗在京都现身的消息在网上扩散开来，传说这次的连续杀人案也是他所为。而且，全国各地纷纷出现目击阿波罗的传闻。另一方面，朱美在公园被一个陌生的少年叫住。那少年就是坂亦。朱美与坂亦谈论读书时颇为投契，但是他不太稳定的举止让朱美加强了戒心。火村和有栖来到发现剑介遗体的安纳守之家了解情况。听了安纳的介绍后，火村注意观察了他的生活状况和溜狗的习惯，总觉得有种违和感。火村对比了东京杀人案和京都连续杀人案的现场照片，忽然有了重大发现。

在移送过程中逃脱的香格里拉十字军领袖诸星，命令手下绑架了有栖。实施绑架的是香格里拉的成员鬼冢、城照文、安奈和嵯峨。诸星此举是想把火村拉进她的世界。有栖就是引诱火村上钩的人质。另一方面，对此一无所知的火村给有栖打电话，却听到电话里有人唱“笼子笼子”，然后马上挂断了。接电话的正是诸星。火村意识到有栖身处险境。失去意识的有栖醒来后发现自己某栋废弃的大厦的地下室里，手脚都被绑住。诸星告诉有栖，她的目标是火村，而且为了达到目的，就算杀了有栖也在所不惜。随后，诸星命令安奈用有栖的手机发送他被绑架的照片给火村，并写下了“你和我有一样的气味”的话。从前，火村到拘留所会见诸星时，诸星曾说过同样的话。所以，收到短信后火村确定有栖是被诸星绑架了。他与锅岛取得联系，锅岛带领部下迅速出动解救有栖。诸星预料到火村一收到信息就会来救有栖，立刻采取了下一步行动。当着有栖的面儿，诸星召集鬼冢等成员，宣布接下来要行刑。然而鬼冢的枪却指向同伙嵯峨。原来，嵯峨是潜入香格里拉卧底的作家。诸星要嵯峨选择是死还是把性命交给她，嵯峨选择了后者，鬼冢解开了他的绑绳。出人意料的是，嵯峨喝下安奈和城照文拿来的酒后突然中毒而死。在警方即将赶到时，诸星让有栖带话给火村，然后把有背叛嫌疑的安奈和城照文扔下，与鬼冢一起离开。有栖获救，安奈和城照文被警方逮捕。火村开始调查嵯峨被杀一案。安奈和城照文互相指责对方才是下毒者。