在日本的冲绳县有一座叫做鸠海的孤岛，这里的居民只有49人，唯一的公共设施是一所小学，由于没有生源，再过几天鸠海小学即将废止，平均年龄63.5岁的鸠海岛将来也很可能成为无人岛。为了不让自己的家乡变成荒岛，岛民们急需孩子来这里上学。 岛民仲间勇造来到东京，他想把七岁的外孙带回鸠海岛，但由于女儿坚决反对只好作罢。不久，勇造在东京街头与一个叫藤泽琉璃的女孩相遇，十一岁的琉璃父亲已故，被母亲寄养在福利院里。母亲对琉璃不闻不问，令琉璃养成反叛的个性。在征得琉璃母亲的同意后，勇造带着琉璃返回小岛。 岛上的居民听说有孩子来这里上学，都赶到岸边欢迎琉璃，可没多久大家就领教了琉璃的叛逆性格。因为鸠海小学的早苗老师让琉璃弄直卷发，琉璃大发脾气后跳上一只小艇企图离开海岛，结果不会驾船的琉璃险些丧命，幸亏一名男子将她救上了岸。这名男子自称叫川岛达也，是东京来的美发师。 川岛告诉琉璃自己本想自杀，因为看见她落水反倒令自己忘记了自杀的事。川岛为琉璃剪短了头发，焕然一新的琉璃又恢复了往日的欢笑……

琉璃作为六年级的学生第一天上课，早苗老师对她的测验成绩很不满意。琉璃回到家，听见其他岛民正在向勇造诉说她的不是，并建议勇造再认领一个别的孩子回岛。 早苗老师在海边教琉璃游泳，琉璃却用讽刺的口吻说早苗是乡下人，正当早苗向校长诉苦时，琉璃又放走了岛民圈养的鸭子，之后她跑到岛上的小商店偷了一块巧克力。听说琉璃偷窃东西的勇造回到家，不由分说将琉璃拉到商店，要她向店主奈津美道歉。看着琉璃不知悔改的样子，生气的勇造将琉璃反锁在商店里。 次日清晨，勇造的妻子惠来到商店接琉璃回家，琉璃痛苦地躺在地上喊着肚子痛，她的样子把惠吓坏了。惠担心琉璃得了盲肠炎请求医院出动了直升机来接琉璃。在飞机上琉璃告诉惠这又是自己的恶作剧，没想到惠不但没有生气，反而庆幸琉璃没有生病。下了飞机，看着惠一再向赶来的急救人员道歉，琉璃感到有些过意不去。 琉璃将自己总是搞恶作剧的原因告诉了惠，原来她以为勇造在寻找其他的小孩来岛上，认为自己是即将被遗弃的孩子。惠将琉璃带到一处工地，琉璃看到正在这里打工的勇造，原来勇造每日早出晚归都是为了赚钱赔偿被琉璃撞坏的小艇，激动的琉璃不禁扑到勇造的怀里痛哭起来。 决定洗心革面的琉璃随勇造夫妇一同回岛，意外地看到站在岸边等候她的母亲……

琉璃的母亲告诉勇造自己即将奉子成婚，为了自己的新生活打算，所以想把琉璃的户籍迁到勇造家里。了解到琉璃母亲此行的目的，勇造感到很气愤。 小岛上的居民为了欢迎琉璃母亲的到来举行了个小派对，但却被岛民照明搞得一团糟 。原来照明的女儿小泉六岁时就被太太带往东京，从此照明就经常酗酒闹事。琉璃劝照明前往东京看望女儿，琉璃的话令照明若有所思。 琉璃似乎隐约感觉到母亲的来意，不禁心中烦乱。不久母亲在离岛前终于将自己的来意告诉了琉璃，琉璃强忍着心痛祝福母亲。夜晚时，琉璃在海边看着刚刚孵出的小海龟坚强地爬向大海，令她又重新获得了生活的勇气。 琉璃看见照明正在收拾酒瓶，照明告诉琉璃自己已经戒酒了，并且决定听从琉璃的劝告前往东京看望女儿。听了照明的话，琉璃感到非常开心……